стория Свято-Троицкого храма связана с первой в России морской крепостью. 12 июня 1701 года в устье Северной Двины на острове Бревенник состоялась закладка Новодвинской крепости.
В 1702 году по указу Петра-I для усиления гарнизона крепости два полка, стрелецкий и гайдуц-кий, были переведены из г. Холмогоры на остров Бревенник.
Там же, силами личного состава пол-ков были возведены две деревянные церкви - Троицкая и Богоявленская.

Незадолго до окончания Северной войны, в 1716 году, большая часть гарнизона крепости, а также стрелецкий и гайдуцкий полки, были переведены на правый берег реки Кузнечихи в район бывшей здесь деревни Кузнечихи.
Сюда же были перевезены Троицкая и Богоявленская церкви. На новом месте они были освящены 4 июля 1717 года.
Со временем обе церкви обветшали и на общем собрании "полковые штаб и обер-офицеры со унтер-офицеры и рядовыми солдаты решили воздвигнуть каменную церковь" и,
собрав необходи-мы средства и материалы, 20 июня 1745 года "испросили благословенную грамоту" у архиепископа Варсонофия на строительство нового храма.
Немногим более чем за два года была закончена постройка каменного храма и 7 октября 1747 г. был освящен придел Архистратига Михаила, а 15 октября - главный престол первого этажа - в честь праздника Богоявления.

Верхняя Троицкая церковь была освящена много позже - 20 сентября 1764 года, а придел Иоанна Предтечи - неделей раньше, 13 сентября.
Таким образом новый каменный храм, как наследник двух деревянных хра-мов Троицкого и Богоявленского представлял из себя как бы два храма под одной общей крышей - зимний, теплый на 1 этаже, и летний, верхний.
По названию главного престола верхнего этажа весь храм стал именоваться церковью Живоначальной Троицы или Троицкой Кузнечевской цер-ковью, по месту расположения храма.

До 1810 года церковь находилась в ведении батальонного командира, затем перешла в епархиальное ведомство, но прихожанами ее попрежнему оставались военные, в т.ч. до 1863 г. полу-батальон военных кантонистов.
На протяжении многих лет в храме свято хранились воинские реликвии - четыре полковых знамени петровского времени (одно из которых - знамя Холмогорского стрелецкого полка - хранится в Архангельском краеведческом музее),
царский вклад - два покрова, один воздух и пелена, а также многие предметы церковного обихода. В этом храме проходили церемонии обрядов войск Архангельского гарнизона.

Богослужения в Свято-Троицком храме велись без малого два века. Когда именно состоялось последнее богослужение достоверно не известно, однако есть свидетельство об архиерейской службе в 1929(30) году.
В День Святого Духа литургию совершал архиепископ Антоний.

Когда именно был закрыт Свято-Троицкий храм достоверно не установлено, вероятно это произошло между 29-м и 36-м годами, поскольку в 1936 году в помещении храма уже размещалась
школа шоферов и общежитие рабочих трикотажной фабрики. Впоследствии здесь располагались и мыловаренный завод, и обувная фабрика, а с 1952 г. здание храма было передано для реконструкции под камнерезный завод.
За годы советской власти храм подвергся варварскому разграблению, разделив судьбу большинства российских храмов. Были изъяты практически все материальные ценности храма, его утварь и убранство.
В годы правления Хрущева, решением обкома партии, как занимающее ответственный участок набережной, ради лишения культового вида здание церкви было лишено главки, барабана, а колокольня - верхнего яруса.
В результате храм, имевший высоту до кончика креста центральной главки 38 метров, стал ниже на 20 метров.

Возрождение Свято-Троицкого храма началось в 1992 году с передачи его Архангельской епархии и непосредственно - вновь созданной общине.
Первым было начато восстановление придела Архангела Михаила, который при строительстве храма в 1747 году первым же и был освящен.
В 1992 году на Троицу и на День Архангела Михаила в храме состоялись первые молебны, отслуженные соборно духовенством города. В октябре 1994 года  здесь стали проводиться регулярные молебны,
с июня 1995 года воскресные всенощные бдения, а 6 августа 1995 года состоялось малое освещение и первая литургия.
Силами членов общины и добровольных помощников, под руководством настоятеля, в храме возродилась богослужебная жизнь.